Родился 3 декабря 1881 года в селе Медяны Вятского уезда Вятской губернии в семье псаломщика Владимира Агафоникова, впоследствии священника. Мать, Мария Андреевна, была дочерью псаломщика Андрея Яковлевича и Пелагии Ивановны Трониных. Мария Андреевна обладала прекрасным слухом и хорошим голосом и знала наизусть около трехсот народных песен, в которых отражались нравственные воззрения и исторические предания русского народа, что оказало немалое влияние на её детей.
Большое влияние имел на братьев известный в Вятской земле пастырь и проповедник Николай Михайлович Зубарев, который был крестным отцом Александра и Василия Агафониковых, и впоследствии, когда Александру пришло время учиться, отец Николай настоял, чтобы родители отдали Александра в женскую церковноприходскую школу, которой он заведовал, а не в мужскую земскую, куда тот должен был идти и в которой, как и почти во всех земских школах, в то время нарочито процветало безбожие. После поступления в школу старшего брата Александра туда же поступил и Василий, хотя ему в то время исполнилось всего шесть с половиной лет.
Обучался в Вятской Духовной семинарии, уволен из 5-го класса по прошению в 1903 году.
В 1903 году поступил учителем в Сычевскую церковноприходскую школу (Вятского уезда).
В 1904 г. женился на дочери умершего диакона с. Макарье Лупповой Надежде Николаевне. Впоследствии в семье родилось четверо сыновей: Геннадий (1913 г.) — умер в детстве, Сергей (1915 г.), Ерминингельд (1917 г.), Николай (1922 (1923)г.).
18 июня 1904 года он был рукоположен епископом Вятским и Слободским Никоном во диакона ко храму в селе Кырчан Нолинского уезда Вятской губернии. С 15 сентября 1904 г. состоял законоучителем Кырчанской церковно-приходской школы.
29 октября 1906 года рукоположен епископом Филаретом во священника ко храму в селе Тойкино Сарапульского уезда Вятской губернии. С 20 декабря 1906 г. состоял заведующим и законоучителем Кокушинской церковно-приходской школы. С 14 сентября 1907 г. состоял законоучителем Тойкинского Земского училища.
24 ноября 1907 года был переведен в храм с. Монастырщина Орловского уезда Вятской губернии.
В 1911 году отец Александр был избран депутатом от духовенства на епархиальный съезд, а в 1913 году – депутатом на окружной училищный съезд.
18 марта 1912 года был награжден набедренником.
13 ноября 1914 года ему за труды по церковно-школьному делу преподано благословение епископа с грамотою.
27 августа 1915 года отец Александр был переведен в Рождественский храм в селе Спасо-Талицы Орловского уезда Вятской губернии и назначен законоучителем женского и мужского земских училищ. Состоял действительным членом Вятского церковно-певческого общества. О. Александр также прекрасно владел скрипкой.
В 1915–1917 годах отец Александр избирался депутатом на епархиальные съезды, а в мае 1917 года был избран благочинным 1-го округа Орловского уезда.
В 1917 году был награжден скуфьей.
С 1918 года отец Александр стал служить в городе Вятке в Покровской церкви.
C 19 июля 1919 года стал служить в Троицком соборе в городе Котельничи (Вятская губ.). Исполнял должность благочинного с октября 1921 года. В 1920 году о. Александр служил в Ветеринарно-санитарном отделе, в 1921-1922гг. — заведующим учетной секции при уездном отделе труда. В ноябре 1922 г. ему был выдан аттестат «За весьма полезную образцовую службу и весьма корректное отношение к подчиненным».
Подвергся аресту около 1923 года, но через некоторое время был освобожден.
На состоявшемся в 1923 году благочинническом собрании было принято решение просить Патриарха Тихона об учреждении в Котельничах отдельного викариатства. Отец Александр предложил в качестве кандидата на занятие епископской кафедры иеромонаха Флавиана (Сорокина), подвизавшегося в Златоустовском монастыре в Москве.
В начале 1924 года иеромонах Флавиан был хиротонисан во епископа Котельнического, викария Вятской епархии. По приезде в Котельничи епископ Флавиан был вызван в уездный исполнительный комитет, где у него спросили, собирается ли он создавать при себе епархиальное управление, на что он ответил, что нет. В этот период отец Александр исполнял обязанности городского благочинного и был ближайшим помощником архиерея. Епископ Флавиан управлял викариатством около года, а затем был арестован и сослан. Из ссылки он написал отцу Александру, что попал в чрезвычайно тяжелые материальные обстоятельства и нуждается в самом необходимом; в ответ на просьбу о помощи отец Александр стал ежемесячно высылать епископу деньги.
В это время в Котельничах развязалась борьба обновленцев с православными; обновленцы были активно поддержаны советской властью, и ОГПУ стало собирать сведения обо всех наиболее непримиримых противниках обновленцев.
21 декабря 1926 г. на квартире о. Александра был произведен обыск в связи с арестом митрополита Кирилла (Смирнова). О.Александр был допрошен в Вятгуботделе ОГПУ.
«29 декабря 1926 г. уполномоченный I СПО СОЧ Вятгуботдела ОГПУ, рассмотрев материалы на священника гор. Котельнича АГАФОНИКОВА Александра Владимировича Н А Ш Е Л: ГООГПУ было известно, что священник гор. Котельнича гр-н Агафоников Александр, будучи благочинным в 1925 году сгруппировав вокруг себя реакционный элемент из духовенства гор. Котельнича и монашек, повел усиленную работу по укреплению в пределах уезда «старого православия» для более усиленной борьбы с т.н. группой обновленческого духовенства. Он повел работу по организации в городе Котельничи специальной епископской кафедры, что ему и удалось. В конце 1925 года в гор. Котельнич приехал епископ Флавиан, который вскоре за антисоветскую деятельность в Ижевске Коллегией ОГПУ был выслан в ссылку. Перед арестом Флавиан дал Агафоникову строгий наказ держаться за «старое», быть стойким и не бояться никаких преследований со стороны существующей власти и поручил ему нелегально исполнять должность наместника управляющего епархией. …Исполняя нелегально административные функции епископа, Агафоников, …собирая по 1 рублю ежемесячно с причта, …эти деньги направлял еп. Флавиану по месту его ссылки. Все это делалось скрыто от Котельничского духовенства. Будучи реакционно настроен против Соввласти, Агафоников в церкви устраивал посвященные «страдальцам за веру православную» молебны, на которых демонстративно произносил многолетия «страдальцам за веру православную изгнанникам архиепископу Павлу, епископам Виктору и Флавиану», этим самым фанатично верующую публику натравливая на существующий государственный строй. После пожара в гор.Котельниче, идущие пожертвования в помощь погорельцам гор. Котельнича, Агафоников употреблял вопреки желаниям населения на ремонт сгоревших церквей. После приезда в гор.Котельнич митрополита Кирилла, Агафоников группировал вокруг его черносотенно-реакционный элемент. Способствовал агитации монашек среди верующего населения о прибытии в Котельнич «святого митрополита» и паломничеству к нему той же публики. Пытался привлечь монахинь ликвидированных монастырей, для использования их среди верующей публики с целью агитации «за старое» и мобилизации мнения верующей публики в пользу лиц, осужденных Соввластью за контрреволюционную деятельность. Указанные действия Агафоникова подтверждаются документами и материалами обыска, произведенного в его квартире 21/XII-26 года, в связи с арестом гр-на Смирнова К. И. На основании вышеизложенного ПОЛАГАЮ: священника Агафоникова арестовать с привлечением к ответственности по обвинению в преступлениях ст.61 и 187 У.К., материалы приобщить к делу N 65 по обвин. Смирнова.
Отец Александр Агафоников был арестован в сочельник Рождества Христова – 6 января 1927 года. 20 января следователь зачитал ему постановление о предъявлении обвинения, что «после ареста епископа Флавиана он возглавлял нелегально Котельническое епархиальное управление, на каковое производил денежные сборы и концентрировал их в фонд помощи антисоветскому элементу, находящемуся в ссылке. Являлся организатором денежных сборов тому же элементу. Вокруг себя сгруппировал черносотенный реакционный элемент города Котельничи, из которого намеревался организовать нелегальный сестринский кружок, ставивший своей целью содействие антисоветской деятельности проживавшего в городе Котельничах административно ссыльного митрополита Кирилла. После пожара в городе Котельничах поступающие пожертвования на погорельцев Агафоников вопреки желаниям населения расходовал на ремонт церквей и частично из них отправлял осужденному за контрреволюционную деятельность епископу».
25 января священник был допрошен. Отвечая на вопросы следователя, отец Александр сказал: «Прошло приблизительно полгода после отъезда епископа Флавиана, когда я получил от него письмо, в котором он указывал на свое тяжелое материальное положение. Из чувства долга и сострадания к нему я послал пятьдесят рублей, а после того, как узнал его постоянный адрес, стал посылать ежемесячно по пятьдесят рублей. Деньги, собранные на епархиальные нужды, я считаю, должны находиться в полном распоряжении епископа Флавиана, так как у нас другого епископа нет, почему и считаю просьбы его о высылке денег вполне законными просьбами. Деньги, поступившие на ремонт церкви, расходовались по прямому назначению, и все они своевременно оприходовались в приходно-расходный журнал. Митрополиту Кириллу также оказывал материальную помощь из средств епископа».
20 марта 1927 года уполномоченный секретного отделения 6-го отдела ОГПУ Казанский, составляя окончательное заключение охарактеризовал его: «АГАФОНИКОВ — наиболее активный антисоветский деятель г.Котельнича, агитировавший во время Кронштадтского мятежа среди церковников о «конце власти», создатель и руководитель разных реакционных мирянских объединений, организатор помощи высланному за антисоветскую деятельность епископату, переславший за один год более 500 рублей, каковая деятельность доказана рядом показаний и имеющимися в деле обнаруженными при обыске квитанциями, решил, как он сам сказал… подслужиться к митрополиту КИРИЛЛУ. Скоро он стал играть роль поверенного и секретаря Кирилла и имел для него связи с церковными деятелями гор.Москвы и другими. Кирилл и АГАФОНИКОВ, первый лично, второй письменно — получили сведения от черносотенной группировки церковников о назначении патриархом Кирилла. В письме АГАФОНИКОВА предупреждали из Москвы держать дело как можно секретнее, так как власти могут подслушать, узнать и «предположить заговор»… Он же получил для Кирилла указание, что «ссыльные и пострадавшие за веру епископы против того, чтобы сколько-нибудь легализоваться», т.е. иначе говоря — решили продолжать вести церковную политику в антисоветском духе… Виновность АГАФОНИКОВА и СМИРНОВА — полагаю считать доказанной.»
28 марта 1927 года Особое Совещание при Коллегии ОГПУ приговорило проходивших по одному делу митрополита Кирилла (Смирнова) и священника Александра Агафоникова по ст.58-6,58-10 УК РСФСР к трем годам ссылки в Сибирь. Ссылку отбывал в Челябинской обл., Кузнецкий р., Кузнецкстрой. По окончании срока ссылки отцу Александру было запрещено жить в ряде крупных городов, в которые, однако, не входила Вятка, куда он и приехал и где жил под надзором ОГПУ три года.
После отбытия наказания с 1930 г. о.Александр жил в Вятке, несколько месяцев работал на лесопилке. Служил в Знаменской (Царево-Константиновской) церкви.
14 мая 1931 года приходской совет Троицкой церкви с. Макарье постановил принять протоиерея Александра Агафоникова постоянно священником религиозной общины. Ныне с. Макарье находится в черте г. Кирова (Вятки). 24 марта 1933 г. в Епархиальный совет поступило прошение от о. Александра: «Ввиду смертельной болезни жены и невозможных условий во время весенней распутицы, а также непосильного налогового обременения дальнейшее служение мое в с. Макарье становится для меня невозможным, а поэтому прошу временно уволить меня заштат». Жена о.Александра Надежда Николаевна умерла 1 апреля 1933 г. Неизвестно, было ли удовлетворено это прошение.
Осенью 1933 г. перемещен к Преображенскому собору г. Глазова Вятской области, однако служил там очень недолго.
Когда срок надзора окончился и отец Александр мог ехать куда пожелает, он воспользовался предложением своего брата, протоиерея Николая, который был благочинным, переехать в Московскую область и был назначен в Ильинскую церковь в селе Лемешово Подольского района.
14 сентября 1937 года отец Александр был арестован, заключен в тюрьму в городе Серпухове и на следующий день допрошен. На убеждения следователя признать себя виновным он ответил отказом, сказав, что виновным себя не признает. В тот же день были допрошены лжесвидетели. Один из них, колхозный сторож, сказал: «Агафоников в беседе со мной неоднократно выказывал свои враждебные взгляды на советскую власть, заявляя о том, что советская власть их притесняет, прижимает во всем, «вот возьми, например, меня: сидел в тюрьме, находился в ссылке, а за что советская власть высылала – ни за что, напрасно, потому что она не дает народу свободы вероисповедания и, не считаясь с требованием верующих, высылает нас, чтобы уничтожить религию»».
Другой свидетель, местный уроженец, рабочий и член коммунистической партии, показал: «В начале августа я шел к церкви, где был улей с моими пчелами. У церкви я встретился с Агафониковым, который разговаривал с верующими. О чем он с ними беседовал до того, как я подошел, не знаю. Агафоников, остановив меня, завел сначала разговор о пчелах, в дальнейшем он перевел на разговор о плохой жизни при советской власти, заявив в присутствии верующих: «С каждым днем все тяжелее становится жить народу, доходов у крестьян стало мало, и живут они впроголодь». Я ему стал возражать и доказывать обратное, но Агафоников разговор со мной прекратил и пошел вместе с верующими к своему дому».
После этих «показаний» следователь снова допросил отца Александра.
Весной 1937 года вы в своем доме неоднократно вели контрреволюционные разговоры против советской власти с повстанческим направлением, заявляя, что рабочим и колхозникам плохо живется, крестьянство терпит от советской власти бедствия и что это долго продолжаться не будет и окончится крестьянским восстанием. Признаете ли вы себя виновным? – Нет, я таких разговоров не вел и виновность свою отрицаю. – Следствием установлено, что вы в августе 1937 года в группе верующих около церкви вели контрреволюционную агитацию против существующего строя и о плохой жизни при советской власти. Признаете ли вы себя виновным и будете ли вы давать правдивые показания? – Виновность свою я отрицаю, таких разговоров я с верующими не вел, а если и были разговоры, то о службе на могилках.
10 октября 1937 года тройка НКВД по ст.58-10 ч.1 УК РСФСР (вел активную контрреволюционную деятельность с повстанческим направлением против существующего строя) приговорила отца Александра по «групповому делу прот. Александра Агафоникова и др.» к расстрелу.
Священник Александр Агафоников был расстрелян 14 октября 1937 года и погребен в безвестной общей могиле на полигоне Бутово под Москвой.
